征夷大将軍となった義昭は、信長に不信の目を向けるようになります。既に義昭は石山本願寺やそれを後押しする毛利などの、信長包囲網を当てにしており、さらに越前、甲斐、越後なども信長を敵視していました。また葛籠重蔵と、下柘植次郎左衛門の娘木さるも信長の敵である一方、雑賀宗の指導者である孫市は、信長に鉄砲演武を披露し、信長は改めて鉄砲の重要性を悟ることになります。その信長は、朝倉義景との金ヶ崎の戦いの陣中で、義弟浅井長政の裏切りを知り、徹底抗戦を唱える家臣たちを尻目に退却を図ります。
この退却のしんがりは、木下藤吉郎が務めることになりました。朝倉軍を鉄砲で撃破する孫市、そしてこの当時藤吉郎に仕えていた山内一豊も、深手を負いながらなんとか戦列を離れます。また退却を始めていた光秀、そして徳川家康は、木下や雑賀に味方し、朝倉の進撃を食い止めました。満身創痍で帰った一豊は、妻千代に励まされ、さらなる夢を抱きます。しかしその頃石山本願寺が立ち上がり、信長は家臣を連れて上洛します。この本願寺の動きの裏には、どうやら義昭が絡んでいるようです。
信長は義昭の臣でもある光秀から、いざとなれば義昭は足利の旗を立てて織田に加勢すると明言したことを聞き、明朝の摂津への出陣に間に合わせるように命じます。無論幕府方の宮部中務少輔はこれを拒否し、将軍の出陣は有職故実を調べてからとその場しのぎを試みますが、光秀はいきなり脇差を抜いて中務に襲い掛かります。しかしそれは竹光でした。流石に義昭は、竹べらでは死罪にできぬと言い、出陣を決めます。この本願寺との戦では、信長の妹を妻にと所望した挙句、偽の女性をめとることになった孫市が、反織田同盟の侍大将として参加していました。
朝倉・浅井勢は比叡山延暦寺と同盟します。そして信長は久々に美濃に戻って、雪見酒を楽しんでいました。久々の夫の帰館を喜ぶ濃姫に、信長は自分が京を手中に収めたら、いつか京に連れて行ってやると言います。しかしその前に、落とさねばならぬ城が近江にあるとも信長は言います。小谷城かと問う濃姫に、その城は多くの国に権力を伸ばし、守るは僧形の無頼と信長は答えます。つまり延暦寺のことでした。これに関しては、延暦寺のすべてを破壊すると主張する信長と、よからぬ僧を追い出すのみでことを済ませたいとする光秀の間で意見が対立します。
結局延暦寺は焼かれ、僧は皆殺しにされました。その後信長は光秀を近江坂本の城主とし、築城を命じます。光秀に取っても、これは心躍るものがありました。城の設計を従弟の光春に説明しているところへ、妻のお槇が娘のお静とお玉を伴って現れます。一方で義昭は、武田晴信が上洛することを知り、信長を叩きのめせると大喜びです。無論信長も家康に兵を与え、武田と戦わせる手筈を整えますが、それを屋根裏から重蔵がのぞいていました。家康は三方ヶ原の戦いで敗退しますが、これで自分は臆病者と言われなくなったと家臣に伝えます。
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足利義昭が徐々に色気を出し始めます。実際この時期、信長包囲網が着々と敷かれており、朝倉と浅井の連合軍を始め、石山本願寺や毛利などもそれに加担していました。浅井が裏切ったことに気づいた信長は、戦を捨てるような格好で単身帰国します。金ヶ崎の退き口とも呼ばれる戦いです。これで山内一豊が重傷を負い、味方に担がれる格好で帰るところは『功名が辻』でももちろん描かれています。また紀州の雑賀孫市が鉄砲演武を披露します。扇を次々と射落として行く鉄砲の威力は、この新兵器への信頼をいやが上にも高めて行きます。
信長もまた、義昭への不信感を募らせるようになります。本願寺立つの陰に義昭の存在を疑う信長は、光秀に、義昭への出陣要請を命じ、これに中務という幕臣が難色を示します。この中務は幕臣であることを如何にも笠に着たような、小物臭のする人物なのですが、光秀はわざと竹べらの脇差を抜いて彼を脅し、しかも真剣でないため罪にはならないといううまい方法を採ります。しかしその反面、信長の妹を妻に欲しがった孫市は、偽の姫をあてがわれ、反織田同盟に走ることになります。この孫市は元々、藤吉郎と交流があったようです。
そして信長の正に野望とも言うべき、延暦寺の焼き討ちが登場します。この件に関しては、信長と光秀という、異なる見解を持つ者同士の考えが衝突し、信長は光秀を泥の中に転がすまでに至ります。ただし焼き討ちそのものに関しては、近年の研究から、すべての建築物が焼かれたわけではないという説が出ており、しかも光秀も攻撃の準備を進めていたことが明らかになっています。そしてまた光秀も、焼き討ち後はこの地域を支配することになり、城を建てるという夢をかなえます。
ところで、この中で終盤に向けての伏線と思われるシーンがいくつか登場します。
- 信長が、自分が京を手中に収めれば、濃姫を京に連れて行くと言っているが、原作を読む限り、濃姫を京に連れて行ったのは、本能寺の変の前が最初で最後
- 光秀が城の様子を光春に説明しているが、そこへ娘、お静とお玉が出て来る。このお静は荒木村次（村重の嫡男）の正室であったが離縁され、光春の妻となって、本能寺の変後夫と共にこの坂本城で亡くなっている。お玉は細川家に嫁ぎ、本能寺の変後は一旦離縁されている
- 光秀の「竹べら」は、後年彼が槍で暗殺される小栗栖の竹林を意識したものか
またお槇が立ち聞きをしていますが、大河（朝ドラも）にはよくあることです。
葛籠重蔵を演じる露口茂さん、グラナダ版ホームズを演じたジェレミー・ブレットの声を担当していただけあって、あのシリーズの様々なシーンがだぶってしまいます。そして近藤正臣さん、この後も大河に何本か出演していますが、老獪さを漂わせるようになったのは『太平記』からでしょうか。『真田丸』の本多正信もそうですが、『龍馬伝』の容堂公も忘れられません。ちなみに『功名が辻』では細川幽斎役でしたね。松坂慶子さんも大河出演が多いのですが、『まんぷく』の「武士の娘」もまだ記憶に新しいです。そういえば、『龍馬伝』と『まんぷく』の脚本は同じ福田靖氏でした。あと寺尾聡さん、これが「最初の」家康としての出演です。（2度目は『軍師官兵衛』）
